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Microcystis est un genre de cyanobactéries d'eau douce (anciennement appelées algues bleues - vertes), de l'ordre des Chroococcales. Ce genre de cyanobactéries est capable de produire deux grands types de toxines (neurotoxines et hépatotoxines telles que la microcystine et la ). L'espèce la plus connue est sans doute . D'autres toxines sont produites par certaines espèces (ex : l'heptapeptide Cyanoginosine-LA) produite par . Certaines espèces et certaines souches sont beaucoup plus "toxiques" que les autres. Les efflorescences (blooms) de Microcystis semblent croître en termes de fréquence et d'intensité à l'image de la tendance observée pour les efflorescences de cyanobactéries. Ce phénomène pourrait être expliqué par deux facteurs : le changement climatique et la mise en place de programmes de surveillance et de veille sanitaire à travers le monde. La toxine produite par ces bactéries (la microcystine) était dans les années 2010-2012 présente en quantité significative dans tous les lacs du Canada.