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Le Cours de chymie est l’œuvre majeure du chimiste apothicaire Nicolas Lémery, ayant vécu lors du règne de Louis XIV. La première édition de 1675, distribuée dans son laboratoire, alors qu'il n'avait pas encore trente ans et venait de finir sa formation à l'Université de Montpellier, sera durant les quarante années qui lui resteront à vivre, en permanence révisée, complétée et rééditée. L'ouvrage est un manuel de cours accompagnant l'enseignement que Lémery donnait dans le laboratoire de son apothicairerie du Quartier latin de Paris. Il connut un succès inégalé pour ce genre de sujet, en se vendant selon Fontenelle, « comme un ouvrage de Galanterie ou de Satire ». Se sont succédé onze éditions officielles du vivant de l'auteur, avec certaines éditions « contrefaites » (Fontenelle) imprimées par plusieurs éditeurs-imprimeurs différents, plusieurs éditions commentées posthumes et de multiples éditions en anglais, allemand, italien, espagnol, néerlandais et même latin. Le célèbre éloge de Lémery fait à l'Académie royale des sciences par Fontenelle donne la mesure de la perception que certains savants de son époque pouvaient avoir de son œuvre. Il écrit « La chimie avait été jusque-là une science, où, pour emprunter ses propres termes, un peu de vrai était tellement dissous dans une grande quantité de faux, qu'il en était devenu invisible et tous deux presque inséparables.[…] M. Lémery fut le premier qui dissipa les ténèbres naturelles ou affectées de la Chimie, qui la réduisit à des idées plus nettes et plus simples, qui abolit la barbarie inutile de son langage, qui ne promit de sa part que ce qu'elle pouvait et ce qu'il la connaissait capable d'exécuter, et de là vint la grand succès ». Le Cours de chymie de Lémery se présente comme une synthèse des connaissances empiriques popularisées par la série de « cours de chimie » publiés au cours du XVIIe siècle. Mais à l'encontre de ses prédécesseurs, le cours de Lémery est immédiatement accessible aux lecteurs contemporains (Metzger). Pour comprendre sa théorie, il n'est point utile de s'initier aux philosophies chimiques plus ou moins étranges, que partageaient les apothicaires chimistes qui l'ont précédé. Lémery évacue tout semblant de spéculations philosophiques et s'en tient à la seule expérience. À l'instar d'Étienne de Clave, il entend appréhender la structure de la matière sur les seules bases de l'expérience chimique. D'emblée, dès les premières pages, il assure de « ne recevoir pour fondement que celui qui est palpable et démonstratif…Les belles imaginations des autres Philosophes touchant leurs principes physiques élèvent l'esprit par de grandes idées, mais elles ne leur prouvent rien démonstrativement » (Cours, p. 5). Pour interpréter les expériences de laboratoire, il adopte la théorie des Cinq principes - une tentative pour comprendre la structure de la matière par les seuls moyens de la chimie, totalement à l'opposé de l'approche philosophique qui prévalait depuis l'Antiquité et même pourrait-on dire sans exagération, qui a prévalu de tout temps et en tout lieu. Lémery est un héritier de la démarche d'Étienne de Clave qui visait à réfuter la physique d'Aristote par les seuls moyens de la chimie expérimentale. Toutefois, tous les efforts des chimistes du XVIIe siècle montrent que les techniques de laboratoire de l'époque ne permettaient pas d'atteindre l'objectif fixé de déterminer les principes (ou éléments indécomposables) composant les mixtes. Il fallut une réorientation des interprétations des observations de laboratoire par des modèles corpusculaires mécanistes, alliés à des pesées précises des réactifs, pour suivre correctement le devenir des corps simples et ouvrir la voie à une meilleure compréhension des constituants de la matière. Lémery utilise a minima la théorie des cinq Principes qui avait montré ses insuffisances. À défaut de lui fournir une terminologie cohérente, elle lui offrait une hypothèse heuristique qui pouvait guider l'analyse des mixtes en éléments plus simples.L'originalité de la pensée de Lémery et une des clés de son succès, réside dans son modèle explicatif corpusculaire et mécaniste des « pointes et pores » , qu'il met en œuvre pour donner une compréhension imagée de ce qu'est une réaction chimique, et particulièrement de la réaction acide-base. Il commence à dégager la notion de réaction chimique et de rapport pondéral à respecter entre réactifs pour obtenir un résultat optimum. Lémery est un empiriste qui toujours essaya de s'en tenir au mieux à l'expérience de laboratoire telle qu'elle pouvait être interprétée avec les hypothèses de la théorie des Cinq principes ou les modèles corpusculaires. Il rejeta aussi la doctrine astrologique comme mal fondée et la quête de la pierre philosophale comme vaine.
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