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En biochimie, on appelle chaîne respiratoire une chaîne de transport d'électrons réalisant l'oxydation des coenzymes réduites issues de la dégradation de composés organiques ou minéraux. Ces coenzymes sont notamment le NADH et le Q10H2 produits dans les mitochondries par le cycle de Krebs et par la β-oxydation des acides gras. Les chaînes respiratoires sont formées d'enzymes membranaires et de transporteurs d'électrons — cytochromes, quinones, flavoprotéines — organisés autour de la membrane plasmique chez les procaryotes et des crêtes mitochondriales de la membrane mitochondriale interne chez les eucaryotes. La chaîne respiratoire des eucaryotes a été intensivement étudiée. Elle est constituée essentiellement de quatre complexes protéiques dénombrés de I à IV. Les électrons à haut potentiel de transfert du NADH y entrent au niveau de la NADH déshydrogénase, ou complexe I, pour redonner du NAD+, tandis que ceux du succinate y entrent au niveau de la succinate déshydrogénase, ou complexe II, pour donner du fumarate. Un troisième point d'entrée existe au niveau de l'ETF déshydrogénase pour les électrons des electron-transferring flavoproteins (ETF). Dans ces trois cas, les électrons proviennent de la matrice mitochondriale et sont transférés à la coenzyme Q10 pour former de l'ubiquinol Q10H2, liposoluble, qui diffuse dans la bicouche lipidique constituant la membrane mitochondriale interne. Puis la coenzyme Q-cytochrome c réductase, ou complexe III, transfère les électrons du Q10H2 au cytochrome c dans l'espace intermembranaire, et la cytochrome c oxydase, ou complexe IV, transfère les électrons de quatre cytochromes c réduits à une molécule d'oxygène O2 pour former deux molécules d'eau H2O. La circulation des électrons le long d'une chaîne respiratoire génère un gradient de concentration de protons à travers la membrane biologique où elle a lieu. Chez les eucaryotes, des protons sont pompés au niveau des complexes I, III et IV. Le gradient électrochimique qui en résulte emmagasine l'énergie libérée par les oxydations de la chaîne respiratoire et permet par la suite de phosphoryler l'ADP en ATP par couplage chimiosmotique avec des ATP synthases dans le cadre d'un processus global appelé phosphorylation oxydative.
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